A ver si me sé explicar:
En el Fuzz Face, por ejemplo, hay dos transistores. Imagínate que "vemos" cada uno de esos dos transistores como dos pedales de overdrive leve puestos en cadena, como si fueran independientes. Es decir, la señal de la guitarra va al primer "pedal", éste añade su cantidad X de overdrive y la señal se dirige -en serie- al segundo "pedal", el cual hace lo mismo. Tenemos un incremento de distorsión en la señal de un 50% en el primer caso y otro 50% en el segundo. En ese caso, la señal que envía la guitarra a esos dos pedales "virtuales" es la que procede de la pastilla, la cual recoge la vibración de la cuerda, de la madera y poco más, punto pelota. Si es una pastilla de 6K pues nada, saturará "X" y si es de 12K saturará X + Y, dependiendo de cuánto más tenga la salida. Pero hablamos de una saturación lineal y, digamos, en serie.
Ahora imagínatelo de otro modo, que es algo parecido a como funciona un fuzz: el primer transistor sigue siendo el "pedal virtual" nº 1 y ahora el segundo pedal no va simplemente a continuación, en serie, sino que repercute él mismo la señal sobre el primer transistor, lo realimenta mediante una resistencia. Si bien en el primer caso la señal de la pastilla afecta de una forma determinada, aquí en el segundo, por esa realimentación, la impedancia de la pastilla se convierte directamente en la resistencia de entrada al circuito, pero no con esa linealidad. Si esa impedancia la alteras con un búffer u otro pedal que pueda actuar como tal, estás alterando la forma con la que entra la señal al pedal, de ahí que algunas de las características típicas del fuzz (dinámica respecto a según golpees la cuerda/cantidad de fuzz y nivel de gain, sobre todo) se vean alteradas.
Es un poco ruda la explicación pero bueno, es algo así.
Por ejemplo, si usamos lo típico del búffer para acoplar el wah-wah al fuzz, en realidad lo que estamos haciendo es buscar un punto intermedio para que esa retroalimentación no se desboque, ya que el wah y el fuzz no hablan el mismo idioma; el búffer hace de intérprete, pero nunca será como una conversación entre dos personas de la misma lengua, no sé si me explico. El búffer del MXR -el cuadrado sí lo lleva, ojo- te suaviza la oscilación por retroalimentación y lo que hace es variar la impedancia de entrada según se active o no pero es lo que tú dices, ese "algo" que tiene un fuzz tipo vintage se queda un poco como difuminado.