Crimson, eso que cuentas ya se ha hablado por aquí hace tiempo. Mi consejo:
1º- Revisa el cableado porque no tiene por qué comportarse de ese modo.
2º- Al anular el control de tono estás anulando también el filtro que se hace con ese control aun en el caso de tener el pote de tono a tope y eso puede no ser deseable.
Explico un poco esto ultimo... la modificación de anular el control de tono completamente estaba a la orden del dia en los '80 porque de ese modo se obtiene más salida de las pastillas. La razón es bien sencilla pues incluso con el pote de tono a tope sigues teniendo un circuito pasa-bajos ya que el pote de tono funciona como un reostato, no como un divisor de tensión (más detalles en mi artículo
Cableado de una Les Paul en
http://www.pisotones.com ) por lo que a tope tienes una resistencia del valor nominal del pote en serie con el condensador y todo ello a masa lo que filtra la señal "anulando" algo de agudos. Cuanto más pequeño el valor del pote y/o más grande el valor del condensador, más filtro.
Si eliminas de un plumazo esete control (en los '80 se cortaba el cable entre los dos potes) estás eliminando también ese filtro "residual" que tienes siempre aunque tengas el pote de tono a tope. El resultado es que aumenta la señal pues no hay nada que se filtre a masa pero como lo que se filtraba era la componente aguda de la señal, al final tienes un sonido que no corresponde con el que tenías antes de quitar el control de tono, esto es, más chillón.
¿Solución para los que quieran eliminar el control de tono?: prueba a poner una carga equivalente a lo que tenías antes con el pote de tono a tope, esto es, de la patita del pote de volumen de la que partía el cable (o el propio condensador) al pote de tono, pon un combo en serie de una resistencia del mismo valor que el pote de tono y su condensador con el final de la cadena a masa. Así volverás a oir tus pastillas sonando exactamente como antes
Claro, que puede que seas todo un "Ochentero" y te guste más del otro modo
Pensé en instalar un pote de 500K para la P-90 de mástil, y otro de 250K para la single, prescindiendo del control de tono. Después de un tiempo de pruebas, el resultado me convence bastante. Ahora la pastilla de mástil suena con el brillo que le faltaba. 
